La vida natural de Choquequirao se inicia a los cuatro mil m.s.n.m., y es una impresionante mezcla de colores, aullidos y sombras que pululan en las noches.

El valle es angosto y profundo. Oscila entre el clima cálido y húmedo del valle interandino, y el frío seco de la alta cordillera.

La geografía de la zona, conformada por nevados y quebradas, con presencia de ríos torrentosos, cuenta con varios pisos ecológicos, como los pajonales altoandinos, los bosques enanos de altura, y la selva alta o yunga. Esta enorme variedad posibilita la presencia de numerosas especies de flora y fauna.

El viaje hasta Choquequirao es largo y extenuante, pero ciertamente inolvidable. Se parte del Cusco por la carretera que va a Abancay. En el kilómetro 154 debe tomarse el desvío hasta la localidad de Cachora, último pueblo antes de llegar hasta el complejo arqueológico. Desde allí se va a caballo o a pie. El camino ha sido recientemente ampliado y arreglado. Transitar por él, es ahora más cómodo y seguro. Llegar a Choquequirao requiere de una buena condición física y del equipo adecuado. Partiendo de Cachora (2,900 m.s.n.m.) es necesario bajar hasta el río Apurímac (1,530 m.s.n.m.) para acampar. El segundo día se sube hasta los 3,085 m.s.n.m. de altitud, donde se ubica el complejo. Para regresar, se utiliza el mismo camino.

Llegar a la ciudadela Inca de Choquequirao es una aventura exigente y llena de emoción, erigida en la cima de una montaña casi inexpugnable con sus palacios y templos de dos niveles, sus sistemas de fuentes, canales y acueductos y su admirable andenería adornada por un amanto de vegetación es considerada el último reducto Inca no conocida por los conquistadores españoles. Con caminatas y calbalgatas largas descubre este maravillo lugar y sus insuperables paisajes naturales.